РПЦ, образована решением Синода от 26 февр. 1994 г. как Майкопская и Армавирская в составе Республики Адыгея, городов Армавир, Сочи, Горячий Ключ и 10 районов Краснодарского края; отделена от Краснодарской епархии (см. ст. Екатеринодарская и Кубанская епархия). С 28 дек. 2000 г. имеет современное название и границы, совпадающие с границами Адыгеи. Кафедральный город - Майкоп. Кафедральный собор - во имя Св. Троицы. Правящий архиерей - еп. Тихон (Лобковский). Епархия разделена на 7 благочиннических округов: 1-й и 2-й Майкопские, Даховский, Гиагинский, Адыгейский, Николаевский, Яблоновский. К кон. 2015 г. действовали 58 приходов и мон-рь, в клире состояли 73 священника и 13 диаконов. При ЕУ работают следующие отделы: миссионерский, по взаимодействию с органами власти, религ. образования и катехизации, по социальному служению, по реабилитации наркозависимых, по работе с воинскими частями, по взаимодействию с МВД, УВД и МЧС, по работе с казачеством, по работе с молодежью, по канонизации святых, по взаимодействию с прессой и телевидением, по взаимодействию с Управлением Федеральной службы исполнения наказаний, по взаимодействию с Мин-вом здравоохранения Республики Адыгея, юридический.
В VI в. в регионе уже существовали епархии Фанагории и Зихии. Последняя в сер. VII в. объединила неск. епархий Северного и Сев.-Вост. Причерноморья, в т. ч. кафедру Никопсии, ставшую центром новой церковной области (большой епархии). С IX в. кафедра епископов Зихии находилась в Матрахе (Матархе, Таматархе, рус. Тмутаракань; ныне ст-ца Тамань Темрюкского р-на Краснодарского края). В XI в. проживавшие в Тмутаракани славяне в отличие от др. правосл. населения, окормляемого архиереями Зихии, в церковном отношении подчинялись Черниговской епархии (см. ст. Черниговская и Новгород-Северская епархия). В XII - 1-й пол. XIII в. адыги наряду с византийским влиянием испытывали влияние грузинского Православия. Включение земель Сев.-Зап. Кавказа в состав Золотой Орды в результате походов монголов 1-й пол. XIII в. негативно сказалось на местной церковной жизни. Тем не менее свидетельства о том, что жители региона продолжали исповедовать Православие, оставили путешественники XIII в. доминиканец Юлиан («О путешествии в страну приволжских венгерцев») и францисканец Гильом де Рубрук («Путешествие в восточные страны»), а также немецкий путешественник кон. XIV - 1-й пол. XV в. Иоганн Шильтбергер («Путешествие по Европе, Азии и Африке»). Архиереи Зихии упоминаются в источниках до XV в. В дальнейшем христианство у адыгов продолжало угасать, они обращались в ислам, что было связано с господством в регионе Османской империи и Крымского ханства. В правление царя Иоанна IV Васильевича адыгские князья принимали крещение и переходили на рус. службу, в их числе: Кудадек (Александр), Салтанук (Михаил, сын кн. Темрюка и брат царицы Марии), Сибок (Василий), Маашук (Иван). В 1559 г. в Москву прибыл адыгский посол, обратившийся к царю с просьбой, чтобы тот «дал бы им воеводу своего в Черкасы и велел бы их всех крестити» (ПСРЛ. Т. 13. Ч. 2. С. 320). В февр. следующего года царь направил «в Черкасы» воеводу Д. И. Вишневецкого, а также адыгских князей на русской службе Ивана (Боашика) и Василия (Сибока) в сопровождении священников, повелев крестить адыгов и «промышляти над Крымским царем» (Там же. С. 324). Однако результаты работы этой миссии неизвестны.
В период присоединения к Российской империи Закубанья, завершившегося в 1864 г., земли Адыгеи были включены в Кавказскую епархию (с 1885 Ставропольская). В 1919-1994 гг. территория М. и А. е. относилась к Кубанской епархии (название последней неоднократно изменялось). В 1925-1927 гг. существовало Майкопское викариатство Кубанской епархии
.В Майкопе, основанном в 1857 г. как крепость, активно велось храмовое строительство. Так, в 1872 г. на месте обветшавшей турлучной Никольской ц. (1-я церковь Майкопа, первоначально была храмом 76-го пехотного Кубанского полка) был построен Александро-Невский собор. В 1883 г. возведена деревянная Покровская ц. В 1882-1888 гг. шло строительство кирпичного Успенского собора на каменном фундаменте. В 1882 г. была заложена, а в 1889 г. освящена Троицкая ц. В 1910 г. построен Воскресенский храм на старом городском кладбище Майкопа. В 1878 г. была основана Закубанская Афонская во имя архангела Михаила мужская пустынь.
На рубеже XIX и XX вв. по инициативе Ставропольского епархиального комитета Православного миссионерского общества в адыгских аулах Майкопского отдела Кубанской обл. Адамий и Хатукай (ныне Красногвардейского р-на), Ульский и Джерокай (ныне Шовгеновского р-на), Ходзь, Блечепсин, Хачемзий, Кошехабль и Егерухай (ныне Кошехабльского р-на) были открыты рус. епархиальные школы грамоты. Миссионерская концепция комитета подразумевала начало христианизации адыгов через обучение их русскому языку. За 4 года (с 1899 по 1903) образование в этих школах получили 834 чел., из них 559 детей. Однако в целом результаты данной формы миссии были весьма скромными.
С приходом к власти большевиков начались репрессии против духовенства и верующих. В февр. 1927 г. в ст-це Абадзехской (ныне Майкопского р-на) прошел показательный судебный процесс над 7 насельниками закрытой Михайловской пуст., они были приговорены к различным срокам лишения свободы. После издания в том же году «Декларации» 1927 г. заместителя патриаршего местоблюстителя митр. Сергия (Страгородского; впосл. патриарх Московский и всея Руси) викарный Майкопский еп. Варлаам (Лазаренко) разорвал церковное общение с ним и присоединился к сторонникам митр. Иосифа (Петровых; см. ст. Иосифлянство). Еп. Варлаам жил на нелегальном положении, окормляя иосифлян в т. ч. и на территории М. и А. е. В 1929 г. он был арестован, вскоре бежал в Ср. Азию. В нач. 1930 г. властями было сфабриковано групповое «дело тайных общин на Северном Кавказе во главе с епископом Варлаамом (Лазаренко)». Архиерей был арестован в Ср. Азии и расстрелян в том же году в Майкопе. Были также казнены проходившие с ним по одному делу двое бывших насельников Михайловской пуст. (входили в число осужденных на процессе 1927 г.) архим. Моисей (Астахов), иером. Петр (Базыкин) и еще 49 чел.
В 20-х гг. XX в. был закрыт Александро-Невский собор. В 30-х гг. уничтожены Покровская ц. и Успенский собор, на месте к-рого в 1940 г. был построен Учительский ин-т, впосл. преобразованный в Адыгейский гос. ун-т. В 1937 г. закрыт Троицкий храм. К 30-м гг. XX в. 1/4 часть построек Михайловской пуст. была разрушена.
Во время Великой Отечественной войны на оккупированной в 1942-1943 гг. территории Адыгеи были открыты многие храмы, в т. ч. майкопский Троицкий (1943). В 1946 г. взорван Успенский собор Михайловской пуст. В 1948 г. верующие жители Майкопа и его окрестностей, в т. ч. монахини закрытых мон-рей других регионов, безуспешно ходатайствовали о возвращении Церкви этой обители.
По данным на 1950 г., в населенных пунктах Адыгеи, за исключением столицы, действовали 8 церквей и молитвенных домов: в станицах Гиагинской, Дондуковской, Келермесской и с. Сергиевском (Гиагинского р-на), в станицах Абадзехской и Кужорской (Майкопского р-на), в ст-це Ханской (ныне входит в городской округ Майкоп), а также в с. Натырбове (Кошехабльского р-на). При этом каменная церковь имелась только в ст-це Дондуковской, в остальных поселениях храмы и молитвенные дома были деревянными либо саманными. В Майкопе тогда же действовали Троицкая, Воскресенская, Александро-Невская и Никольская церкви. К 70-м гг. XX в. в Адыгее открытыми оставались лишь 4 храма: 2 в Майкопе (Троицкий и Воскресенский) и по одному в с. Натырбове и в ст-це Гиагинской. В сер. 80-х гг. XX в. был снесен майкопский Александро-Невский собор, на его месте построен военный комиссариат.
28 марта 1991 г. в границах Адыгейской автономной обл. было образовано Майкопское благочиние Краснодарской епархии. К 1 янв. 1994 г. в Адыгее насчитывалось 12 приходов. С 1992 г. верующие ходатайствовали о возвращении Церкви Михайловской пуст.; добиться передачи всех построек Церкви удалось только в 2003 г.
26 февр. 1994 г. Синод заслушал рапорт Кубанского архиеп. Исидора (Кириченко; ныне митрополит) с предложением разделить вверенную ему епархию на 2 самостоятельные. В тот же день была образована Майкопская и Армавирская епархия, в которую вошли Республика Адыгея, города Армавир, Сочи, Горячий Ключ с подчиненными их горсоветам прилегающими территориями, а также Новокубанский, Гулькевичский, Успенский, Лабинский, Отрадненский, Курганинский, Мостовский, Белореченский, Апшеронский и Туапсинский районы Краснодарского края. Майкопским архиереем был назначен архиеп. бывш. Дмитровский Александр (Тимофеев). Статусом кафедрального собора наделена майкопская Троицкая ц. 5 окт. того же года 3 прихода Московского Патриархата в Армении (Покровский в Ереване, Богородице-Рождественский в Ванадзоре и святых Кирика и Иулитты в с. Димитров Арташатского р-на (ныне Араратской обл.)) были отнесены к юрисдикции Майкопской епархии.
17 июля 1995 г. архиеп. Александр был переведен на Саратовскую кафедру, а на его место назначен Дмитровский еп. Филарет (Карагодин; ныне архиепископ). 26 апр. 1996 г. в ходе визита на Сев. Кавказ и в Закавказье патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Майкоп. В городе состоялась закладка Успенского собора, предстоятель РПЦ освятил закладной камень и крест на месте строительства. Однако впосл. по причине финансовых затруднений работы были заморожены, а рядом построили небольшой храм во имя арх. Михаила. В 1998 г. в Майкопе начала действовать правосл. гимназия во имя прп. Сергия Радонежского.
28 дек. 2000 г. еп. Филарет был переведен на Пензенскую кафедру, а приходы на территории Краснодарского края, входившие в Майкопскую и Армавирскую епархию, переданы Краснодарской епархии. Майкопским архиереем был назначен викарий Смоленской епархии Балтийский еп. Пантелеимон (Кутовой; с 25 февр. 2005 архиепископ, ныне митрополит); епархия получила современное название. Вероятно, тогда же Краснодарской епархии были переданы приходы в Армении.
Постановлением Синода от 27 мая 2009 г. архиеп. Пантелеимон был перемещен на Орловскую кафедру, а на Майкопскую назначен викарий Екатеринодарской епархии Ейский еп. Тихон.
С кон. 2000 по кон. 2015 г. в М. и А. е. были открыты более 20 приходов, число священнослужителей увеличилось более чем в 2 раза (с 42 до 86 чел.). В 2014 г. возобновилось строительство майкопского Успенского собора.
Архиеп. Александр (Тимофеев; 26 февр. 1994 - 17 июля 1995), еп. Филарет (Карагодин; ныне архиепископ, 17 июля 1995 - 28 дек. 2000), архиеп. Пантелеимон (Кутовой; ныне митрополит, 28 дек. 2000 - 27 мая 2009; до 25 февр. 2005 управлял епархией в сане епископа), еп. Тихон (Лобковский; с 27 мая 2009).
Действующий: Михайловская пуст. (мужская, близ пос. Победа Майкопского р-на; основана в 1878, закрыта в 20-х гг. XX в., возобновлена в 2001).